В республики около 61 тыс. озер и около 27 тыс. рек. Общая протяженность рек составляет 83 тыс. км. На территории республики расположено 80% площади Онежского и 40% Ладожского озер. Включая эти площади, водой покрыто 23% территории республики.

Внутренние поверхностные воды региона принадлежат к двум морским бассейнам: Беломорскому и Балтийскому. Неширокий водораздел между ними пересекает центральную часть территории в западном - северо-западном направлении. На северо-востоке республика омывается водами центрального бассейна Белого моря и двух его заливов-губ - Онежского и Кандалакшского.

Наиболее крупные реки - Кень, Выг, Кереть, Водла, Суна, Шуя.

Сток поверхностных вод с территории региона поступает в Белое море (54%), в Онежское озеро (25%) и Ладожское озеро (21%).

Общие ресурсы поверхностных вод в республике составляют 195 км³. Из них на речной сток приходится 25%. Основные запасы поверхностных вод находятся в водохранилищах и озерах, объем водных масс которых в 2,9 раза больше годового стока рек. Общая полезная емкость водохранилищ составляет 18,5 км³ и позволяет регулировать 47% годового объема речного стока.

Болотами занято 3,6 млн. га (20% территории), кроме того, имеется более 1,8 млн. га заболоченных лесов. Насчитывается около 6500 болот. Распределены они неравномерно: в одних районах их совсем немного (например, на севере Западно-Карельской возвышенности и на горном кряже Ветреный пояс - около 10%); в других районах они покрывают землю почти сплошным ковром, оставляя незаболоченными лишь узкие полосы вдоль рек (Прибеломорская низменность, Олонецкая равнина), и образуют торфяные бассейны. Так, в Прибеломорской низменности болота занимают до 80%. Размеры болот колеблются от 5 до 10000 га и более. Доминируют болота площадью от 100 до 300 га.

В 2001 г. объем сточных вод, сброшенных в поверхностные водные объекты, составил 226,1 млн. м³, 80% которых относятся к категории загрязненных (180,2 млн. м³ - недостаточно очищенные, 20,7 млн. м³ - сбрасываемые без очистки). Крупнейшими источниками загрязнения водных объектов являются предприятия целлюлозно-бумажной промышленности (57,4%) и жилищно-коммунального хозяйства (33,4%).

Предприятия с наибольшим объемом сброса загрязненных сточных вод: ОАО "Кондопога" - 51,9 млн. м³ (26% республиканского объема сброса), МП "Петрозаводскводоканал" - 48,7 млн. м³ (24,2%), ОАО "Сегежабумпром" - 37,2 млн. м³ (18,6%), ОАО "Целлюлозный завод "Питкяранта" - 22,2 млн. м³ (11,3%), ОАО "Карельский окатыш" - 14,0 млн. м³ (7%), МУП городского коммунального хозяйства, г. Костомукша - 6,1 млн. м³ (3%), МП "Водоканал", г. Сортавала - 2,7 млн. м³ (1,4%).

В шести районных центрах отсутствуют канализационные очистные сооружения, и неочищенные сточные воды, как правило, сбрасываются в водоемы, являющиеся источниками водоснабжения населения. Отсутствуют сооружения в городах Кемь (сброс осуществляется в Белое море), Беломорск (сброс в р. Нижний Выг), Медвежьегорск (сброс в Онежское озеро), Пудож (сброс в р. Водла - водоток Онежского озера), а также в поселках Лоухи (сброс в оз. Паново) и Калевала (сброс в оз. Среднее Куйто).

Существенный вклад в загрязнение водных объектов вносит смыв загрязняющих веществ с площади водосборов, особенно это характерно для городов Петрозаводск, Сортавала, Лахденпохья, Олонец, Медвежьегорск, Суоярви, не имеющих сетей и сооружений для очистки ливневых стоков.

Наиболее тяжелое положение с качеством подаваемой населению питьевой воды отмечается в городах Пудож, Лахденпохья, Беломорск, Суоярви, Сортавала, поселках Лоухи и Калевала.

Воздействие на окружающую среду в 2004 г.
Водопотребление и водоотведение
Показатель			млн. м3	Основные источники загрязнения водных объектов (млн. м3) ОАО “Кондопога” (58,83); Петрозаводское МУП “Водоканал” (47,88); ОАО “Сегежский ЦБК” (39,25); ОАО “Целлюлозный завод “Питкяранта” (21,54); ОАО “Карельский окатыш” (19,34); а также объекты ЖКХ городов Сортавала, Медвежьегорск, Беломорск
Использовано воды, всего			225,45
Объем оборотной и повторно-последовательно используемой воды			929,87
Экономия свежей воды, %			86
Сброшено в поверхностные водоемы			242,37
в том числе:
загрязненных сточных вод			209,12
из них без очистки			21,23
нормативно чистых			33,25
нормативно очищенных			0,00
Доля загрязненных сточных вод в суммарном сбросе сточных вод в водные объекты, %