Территория области покрыта густой сетью водотоков, в среднем 1 км водотоков на 1 км² площади.

Большинство рек относится к категории малых, 6 рек имеют длину более 100 км, в том числе р. Неман.

Реки принадлежат бассейну Балтийского моря.

Крупнейшие реки: Неман (притоком Шяшупе) и Преголя (с притоком Лава), объединены системой каналов.

Под водоемами различного типа занято 230 тыс. га.

Озер более 100 (крупнейшее - Виштынецкое).

Заболочено 7% территории.

Общая протяженность водотоков 5043 км, кроме того насчитывается 948 мелиоративных систем и каналов общей протяженностью 3384 км. Дополнительно к этому на государственном экологическом учете находится 145 озер и прудов площадью 56,8 км² и 239 болот площадью 8213,5 км².

Незамерзающие порты - Калининград и его морской аванпорт Балтийск имеют общероссийское значение, обеспечивая значительную часть внешнеторговых каботажных перевозок страны на Балтийском море.

Разведано 22 месторождения подземных вод, эксплуатационные запасы которых составляют 0,21 км³/год. На разведанных участках отбирается 0,044 км³/год воды. Степень освоения запасов подземных вод колеблется в пределах от 6% (г. Ладушкин) до 76% (г. Черняховск).

Основными водопользователями являются объекты промышленности и жилищно-коммунального хозяйства.

В водные объекты области в 2001 г. сброшено 175,8 млн. м³ сточных вод, из них 149,8 млн. м³ (85%) загрязненных, остальной объем - нормативно чистые сточные воды. Большинство очистных сооружений обеспечивают лишь механическую очистку сточных вод (биологической и физико-химической очистке подвергаются не более 5% сточных вод), морально и физически устарели, не соответствуют современным экологическим требованиям, подлежат капитальному ремонту и реконструкции.

Основной объем загрязненных сточных вод сбрасывается предприятиями коммунального хозяйства (52%) и целлюлозно-бумажной промышленности (39%). Если в целом по Калининграду объем сброса загрязненных сточных вод в 2001 г. составил 86,88 млн. м³, то с очистных сооружений ЖКХ города сброшено 56,21 млн. м³ сточных вод данной категории. В целлюлозно-бумажной промышленности сброс загрязненных сточных вод составил: ЗАО "Цепрусс" - 27,8 млн. м³, АО "Советский ЦБЗ" - 19,9 млн. м³, ООО " Неманский ЦБК" - 18,4 млн. м³.

С целью снижения вредного воздействия целлюлозно-бумажных предприятий на водные объекты продолжается осуществление мероприятий по переводу целлюлозных производств на экологически чистые технологии: внедрение бесхлорной отбелки целлюлозы на ЗАО "Цепрусс"; организация производства гофротары с ликвидацией варочного производства на АО "Советский ЦБЗ"; перевод на процесс бисульфитной варки целлюлозы с аммонийного на натриево-магниевое основание (1 этап) на ООО "Неманский ЦБК".

Напряженная обстановка с водоснабжением складывается в городах Калининград, Гусев, Советск, Неман, Черняховск, Светлый, Гвардейск.

Воздействие на окружающую среду в 2004 г.
Водопотребление и водоотведение
Показатель			млн. м3	Основные источники загрязнения водных объектов (млн. м3) МП “Водоканал”, г. Калининград (39,4); ЗАО “Цепрусс”, г. Калининград (27,2); ООО “Неманский ЦБК” (18,6)
Использовано воды, всего			167,59
Объем оборотной и повторно-последовательно используемой воды			180,31
Экономия свежей воды, %			63
Сброшено в поверхностные водоемы			174,06
в том числе:
загрязненных сточных вод			147,00
из них без очистки			19,39
нормативно чистых			27,07
нормативно очищенных			0,00
Доля загрязненных сточных вод в суммарном сбросе сточных вод в водные объекты, %