2,5% территории области приходится на реки и озера.

Область обладает богатейшим водным фондом, который представлен 1287 реками, 4240 озерами площадью 294 тыс. км², 5 водохранилищами, Волго-Балтийским каналом и Северо-Двинской шлюзовой системой.

Крупные реки области: Северная Двина и ее образующие - Сухона - 560 км и Юг - 491 км, Молога (приток р.Волга) - 450 км, Шексна - 189 км, Кубена - 365 км, Вожега - 138 км.

В области насчитывается 18 тыс. ручьев.

На территории региона имеются крупные озера и водохранилища: - Онежское, площадью - 9880 км², - Белое - 1290 км², - Кубенское - 470 км², - Воже - 416 км², -Рыбинское вдхр. - 4500 км², - Шекснинское вдхр. - 380 км².

Общая протяженность водотоков около 70 тыс. км, из них длина рек более 37 тыс. км.

Разведано 12 месторождений разнообразных минеральных вод, пригодных для лечебных и пищевых целей. Оценочные запасы минеральных вод - свыше 0,4 тыс. м³ в сутки, добывается 0,1 тыс. м³.

Наибольшую антропогенную нагрузку несут водные объекты бассейнов рек Волга и Северная Двина, так как на данной территории расположены крупные промышленные узлы: Череповецкий, Вологодский и Сокольский. Значительное негативное воздействие на водные объекты бассейна р. Волга оказывают предприятия черной металлургии (ОАО "Северсталь") и химической промышленности (ОАО "Аммофос" и ОАО "Череповецкий Азот").

Водные объекты бассейна р. Северная Двина испытывают наибольшее влияние предприятий лесной и целлюлозно-бумажной промышленности (ОАО "Сокольский ЦБК" и ОАО "Сухонский ЦБЗ") и машиностроительных предприятий областного центра. На водные объекты значительно влияют сточные воды коммунальных предприятий.

Основными потребителями свежей воды в Вологодской области является промышленность - 81%; ЖКХ потребляет 17%, все остальные отрасли - 2%.

За последние годы наблюдалось увеличение сброса сточных вод, однако в 2001 г. сброс сточных вод сократился почти на 70 млн. м³ по сравнению с предыдущим годом. Сокращение сброса произошло на Череповецкой ГРЭС, на Белоручейском руднике из-за уменьшения откачки карьерных вод, на МУП "Водоканал" в г. Череповец, на ОАО "Аммофос" и ОАО "Череповецкий Азот"; увеличились сбросы на ОАО "Сухонский ЦБЗ" и ОАО "Сокольский ЦБК", Вологодской ТЭЦ и МП "Соколводоканал".

Наиболее эффективно работают биологические очистные сооружения МУП "Водоканал" городов Череповец, Великий Устюг, Вологда, пос. Шексна. В неудовлетворительном состоянии находятся очистные сооружения ОАО "Сокольский ЦБК".

Объем сброса загрязненных сточных вод составляет 40% общего сброса в водные объекты, или 240,3 млн. м³. С очистных сооружений, принадлежащих ЖКХ г. Череповец, сброшено 62 млн. м³ загрязненных сточных вод (почти четверть областного объема), с очистных сооружений ЖКХ г. Вологда - 46 млн. м³ (19%).

Воздействие на окружающую среду в 2004 г.
Водопотребление и водоотведение
Показатель			млн. м3	Основные источники загрязнения водных объектов (млн. м3) МУП ЖКХ “Вологдагорводоканал”, г. Вологда (36,73); ОАО “Северсталь” (30,5); а также ЖКХ г. Череповец; ОАО “Аммофос”; ОАО “ Череповецкий Азот”; ОАО “Сокольский ЦБК”; ОАО “Сухонский ЦБЗ”
Использовано воды, всего			636,32
Объем оборотной и повторно-последовательно используемой воды			3650,10
Экономия свежей воды, %			88
Сброшено в поверхностные водоемы			593,60
в том числе:
загрязненных сточных вод			194,59
из них без очистки			48,69
нормативно чистых			368,40
нормативно очищенных			30,61
Доля загрязненных сточных вод в суммарном сбросе сточных вод в водные объекты, %