Водные ресурсы сосредоточены в реках и тундровых озерах, основную часть которых составляют воды р. Печоры протяженностью 1809 км с годовым стоком 130 км³.

На территории округа много небольших рек и мелких озер.Большая часть населения проживает в дельте Печоры. Водоснабжение населенных пунктов осуществляется из реки, на качество вод которой интенсивная хозяйственная деятельность и промышленное освоение нефтяных месторождений в бассейне р. Печоры оказывают большое влияние.

Происходит загрязнение поверхностных вод, а также Коровинской и Печорской губ Баренцева моря из-за отсутствия канализации и очистных сооружений в населенных пунктах, наличия животноводческих ферм в затопляемых зонах, поступления на территорию округа вод р. Печора уже загрязненных промышленными сбросами и нефтепродуктами предприятий Республики Коми, неудовлетворительного технического состояния трубопроводов нефтедобывающих предприятий округа.

Все сточные воды, прошедшие через сооружения биологической очистки, относятся к категории недостаточно очищенных.

Вода рек бассейна Печоры характеризуется в основном как "весьма загрязненная" , "очень загрязненная", "грязная".

Воздействие на окружающую среду в 2004 г.
Водопотребление и водоотведение
Показатель			млн. м3	Основные источники загрязнения водных объектов (млн. м3) Объекты ЖКХ населенных пунктов
Использовано воды, всего			6,20
Объем оборотной и повторно-последовательно используемой воды			1,87
Экономия свежей воды, %			45
Сброшено в поверхностные водоемы			2,24
в том числе:
загрязненных сточных вод			1,19
из них без очистки			0,00
нормативно чистых			1,05
нормативно очищенных			0,00
Доля загрязненных сточных вод в суммарном сбросе сточных вод в водные объекты, %