Забор свежей воды из водных объектов в 2002 г. составил 150,72 млн. м³ (на 10,46 млн. м³ больше, чем в 2001 г.), в том числе: из поверхностных источников - 43,16 млн. м³, подземных - 107,56 млн. м³. В водные объекты сброшено 74,9 млн. м³ сточных вод (2001 г. - 76,6 млн. м³), их них загрязненных - 33,1 млн. м³ (33,2 млн. м³). Со сточными водами поступило 17,2 тыс. т загрязняющих веществ, что на 0,7 тыс. т меньше, чем в 2001 г. - это объясняется улучшением работы блоков доочистки очистных сооружений, изменением качества поступающей воды. На территории округа зарегистрировано 122 действующих канализационных очистных сооружения с биологической очисткой общей мощностью 67,1 млн. м³.

Река Обь и ее притоки на территории округа загрязнены нефтью, нефтепродуктами, фенолами, тяжелыми металлами.