Водопровод г. Кызыл обеспечивает водой 65 тыс. человек населения и 237 различных объектов города. Забор воды ведется из 142 скважин глубиной 15-16 м из верхнего открытого горизонта долины р. Малый Енисей, ошибки в проектировании 1960-х годов привели к тому, что в настоящее время он оказался в пределах селитебной зоны с частными жилыми постройками. Выше по потоку, в области питания водоносного горизонта, располагаются золоотвал ТЭЦ, школа, инфекционная больница. Таким образом, не обустроены как вторая, так и третья санитарно-защитные зоны. В результате удельный вес проб, не соответствующих нормативам по бактериологическим показателям, составляет 19,7%.

На территории республики Тыва имеется 18 очистных сооружений для очистки сточных вод, из них 6 очистных сооружений биологической очистки стоков (хозяйственно-фекальных), 11 - механической очистки промышленных стоков, а также очистные сооружения физико-химической доочистки стоков (промышленных). Мощность очистных сооружений со сбросом в водные объекты в 2002 г. увеличилась с 10,7 млн. м³ в 2001 г. до 12,86 млн. м³ (на 20,2%), что произошло только на предприятиях золотодобывающей отрасли (старательские артели). Строительство новых мощностей очистных сооружений не велось.

Всего по республике сброшено 11,26 млн. м³ сточных, шахтно-рудничных и коллекторно-дренажных вод, из них: загрязненных - 8,88 млн. м³, нормативно чистых - 2,38 млн. м³. Со сточными водами в водные объекты поступило 380,041 т взвешенных веществ, 0,366 т нефтепродуктов.