На территории края находятся 220 рек в составе бассейнов рек Кубань, Кума, Калаус и Егорлык, 38 озер, 58 водохранилищ, множество прудов и развитая сеть мелиоративных каналов. Воды всех рек Ставропольского края квалифицируется как "умеренно загрязненные", "загрязненные" и "грязные".

Объем сброса сточных вод в поверхностные водные объекты в 2002 г. составил 1702 млн. м³, загрязненных сточных вод - 222,6 млн. м³. Основной объем сбрасываемых загрязненных сточных вод приходится на предприятия жилищно-коммунального хозяйства. Отсутствие канализационных сетей, средств учета потребляемой воды в условиях интенсивного развития приусадебных участков привели к тому, что более 280 сельских населенных пунктов оказались подтопленными, ухудшилась экологическая ситуация.