По территории республики протекает 419 малых и больших рек, Большой ставропольский канал, являющиеся источниками водоснабжения для Ставропольского и Краснодарского краев. Основные серьезные проблемы водоснабжения: крупные потери воды при транспортировке (на Большом ставропольском канале до 30%) и в разводящих сетях водопровода в населенных пунктах (в связи с их физическим износом); сверхнормативное загрязнение поверхностных и подземных вод.

Общий объем сброса загрязненных сточных вод в поверхностные водные объекты республики в 2002 г. уменьшился на 6,9 млн. м³ по сравнению с 2001 г. и составил 55,1 млн. м³. Наибольший объем сброса загрязненных сточных вод (67%) приходится на Черкесск. Около 79% объема загрязненных сточных вод поступает в бассейн р. Кубань. Доля коммунальных предприятий в сбросе загрязненных сточных вод в 2002 г. составила 82%. Очистку сточных вод на территории республики осуществляют 38 очистных сооружений канализации (ОСК), 14 из них относятся к коммунальному хозяйству. Кроме очистных сооружений МГП "Водоканал" в пос. Ударный, ЗГИ "Водоканал" в пос. Архыз, МГП "Водоканал" в г. Теберда, нуждающихся в проведении текущего ремонта, все остальные ОСК морально и физически устарели и требуют реконструкции и расширения.