Брянская область имеет хорошо развитую речную сеть - 2868 рек, запасы поверхностных вод - 3,5 км³/год. Главной водной артерией является р. Десна, которая вместе с крупными притоками Болва, Судость, Нерусса обеспечивает 63% годового стока области. Качество поверхностных вод по-прежнему не отвечает нормативным требованиям по ряду показателей. За последние 5 лет увеличилось поступление в поверхностные водные объекты нефтепродуктов (в 2 раза), хлоридов (в 2,3 раза), нитратов (в 1,8 раза), органических веществ (по БПК5, в 1,1 раза), сульфатов (в 7 раз). В 2002 г. в поверхностные водные объекты сброшено 100,2 млн. м³ сточных вод, из них: 96,4 млн. м³ загрязненных, 3,4 млн. м³ нормативно чистых, 0,4 млн. м³ нормативно очищенных сточных вод.

Крупнейшим загрязнителем поверхностных вод является г. Брянск, сбрасывающий 60,9 млн. м³ сточных вод в год, что составляет более 60% общего объема сброса сточных вод. На территории области сложилась критическая ситуация: с 1990 г. не введено ни одного крупного комплекса очистных сооружений; имеющиеся сооружения очистки сточных вод физически изношены, а в 12 городах отсутствуют.

На контроле органов госсанэпиднадзора Брянской области находится 2064 подземных и 2 поверхностных источника централизованного водоснабжения, питающих 534 коммунальных и 1532 ведомственных водопроводов. Около 15% населения, преимущественно сельского, пользуется водой из нецентрализованных источников водоснабжения. Из-за неудовлетворительного технического обслуживания объектов водоснабжения, отсутствия необходимого числа специализированных бригад, слабого материально-технического оснащения в отдельных районах, особенно сельских, отмечен крайне высокий уровень эпидемиологической опасности питьевой воды. Так, на ведомственных водопроводах Гордеевского, Мглинского, Злынковского, Суражского, Севского районов выявлено более 74% проб воды, неудовлетворительных по микробиологическим показателям.