Особое место среди экологических проблем края занимают проблемы обращения с отходами. При общем спаде производства количество отходов возрастает: на начало 2003 г. в крае накоплено 9066 тыс. т отходов производства и потребления. Осуществляется демеркуризация ртутьсодержащих отходов и переработка использованных свинцовых аккумуляторов. Ежегодно образуется около 1800 тыс. т ТБО.

Для решения проблем необходимо внедрение новых технологий по переработке отходов, а не только захоронение; требуется применение налоговых и кредитных льгот для предприятий, частных предпринимателей, занимающихся переработкой отходов, а также более активное участие органов краевого и муниципальных управлений в организации дифференцированного сбора отходов с целью их переработки, в приобретении и строительстве мусороперерабатывающих установок. В 2002 г. ГУПР и ООС по Краснодарскому краю утверждена разработка краевой целевой программы "Отходы". Обеспечивался контроль за выполнением мероприятий по обращению с отходами на 52 предприятиях. В ФЦП "Юг России" включено строительство мусороперерабатывающего завода, а также сборной сортировочной перегрузочной станции с сортировкой и прессованием мусора в г. Сочи. В краевой смете пообъектного финансирования предусмотрено строительство свалки в г. Белореченск и обустройство места захоронения пестицидов в ст. Варениковская.

Проблема загрязнения окружающей среды пестицидами остается по-прежнему одной из актуальных для Краснодарского края. Загрязнение водных объектов особенно велико вследствие выноса пестицидов, применяемых на рисовых системах. За последние годы произошли качественные и количественные изменения в применении пестицидов. Остается нерешенной и проблема уничтожения пришедших в негодность и запрещенных к использованию пестицидов. В хозяйствах края их накоплено 2497 т. Материально-техническая база агрокомплексов сельхозпредприятий пришла в упадок, нередко препараты хранятся на открытых грунтовых площадках, что серьезно осложняет экологическую обстановку в крае.