Основными источниками поступления вредных веществ в атмосферный воздух Республики Алтай являются многочисленные котельные, отопительные печи частных домов (стационарные источники загрязнения) и автотранспорт (передвижные). Выбросы от всех источников загрязнения в 2002 г. составили 27,8 тыс. т, в том числе 11,9 тыс. т от стационарных и 15,9 тыс. т от передвижных. Самый крупный источник загрязнения воздушного бассейна как в г. Горно-Алтайск, так и в республике - МУП "Котельные и тепловые сети", на балансе которого находится 18 котельных. На это предприятие в 2002 г. пришлось 44,5% выбросов загрязняющих веществ от стационарных источников. Увеличение выбросов в 2002 г. по сравнению с 2001 г. (на 2,7 тыс. т) объясняется ростом потребления топлива в котельных, а также более полным учетом выбросов, в том числе и от сжигания топлива и ГСМ населением.

Проблема загрязнения воздушного бассейна республиканского центра остается весьма острой, особенно в зимний период. Горно-Алтайск расположен в горной долине. В связи с недостаточной проветриваемостью воздушного бассейна города практически не происходит уноса и рассеивания выбросов. Это способствует накоплению загрязняющих веществ в приземном слое атмосферы и, как следствие, в почвенном покрове на территории города. За 2002 г. от всех источников в атмосферный воздух Горно-Алтайска поступило 11,94 тыс. т загрязняющих веществ, в том числе 7,88 тыс. т от стационарных и 5,997 тыс. т от передвижных.

Одним из источников загрязнения атмосферного воздуха являются золошлаковые отвалы городских котельных. При проверках практически повсеместно установлено, что предприятиями допускаются нарушения Федерального закона "Об охране атмосферного воздуха" при складировании золошлаковых отходов. Организация деятельности в области обращения с отходами производства и потребления на территории населенных пунктов, а также порядка сбора отходов возложены федеральным законодательством на органы местного самоуправления. Однако администрацией города до сих пор не решен вопрос о полигоне для захоронения золошлаковых отходов.