Вместе с тем сохраняют актуальность такие экологические проблемы, как: негативные последствия, вызванные затоплением Чебоксарского водохранилища; неудовлетворительное состояние очистных сооружений канализации в городах и сельской местности, неудовлетворительное санитарно-техническое состояние сетей водопроводов, старение и изношенность (до 80%) водо- и воздухоочистного оборудования на промышленных предприятиях, высокий уровень загрязнения воздушного бассейна, особенно отработавшими газами автотранспорта в городах Волжск и Йошкар-Ола, переработка и утилизация отходов производства и потребления, развитие сети экологического мониторинга.

Выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух от стационарных источников и автотранспорта составили в 2002 г. 93,77 тыс. т, в том числе от автотранспорта - 72,4 тыс. т (77%). В г. Йошкар-Ола вклад автотранспорта в суммарные выбросы достигает 90%.

Объем выбросов загрязняющих веществ от стационарных источников в 2002 г. составил 21,3 тыс. т, уловлено 28,5% вредных веществ. Одним из основных источников загрязнения воздуха является трубопроводный транспорт: на Волжское ЛПУМГ приходится 58% объема выбросов в республике, Моркинское ЛПУМГ - 7%. Выбросы от ОАО "Марийский целлюлозно-бумажный комбинат" не превышают 5%.